該当のphpファイル修正および不審なファイルの削除、またはバックアップデータとの完全差し替えなどを行いましたがどちらも修正画面や物件情報へアクセス出来ずnot foundとなっている状態です。
初期状態でのアップロードも試してみましたが、表示出来ず困っております。

サーバー側のパブリックフォルダ以外の箇所で修正する必要のある箇所があったりするのでしょうか。よろしくお願いします。