改変用プログラムとは、index.phpを改ざんするためのプログラムです。
CMSでは、index.phpとsetup.php（一部のCMS）を使用していますが、
それ以外で、ご自身が設置したもの以外は、送り込まれたプログラムかもしれません。
これまでに、次のようなファイルが報告されています。

upload/safe.php
icon/safe.php
about.php

この様に下位のフォルダーに入れられることもあるので、入念にチェックしてください。